Фархад Чаримович Худайнатов родился 26 октября 1985 года в Каспийске Дагестанской АССР. Начальную школу окончил в Каспийске, с 5-го по 9-й класс учился в селе Цыйша Кулинского района, откуда родом его родители. После окончания 9-го класса, поступил в колледж учиться на бухгалтера, а через год — в Дагестанский автодорожный институт. Вскоре перешёл на заочное обучение в связи с призывом на срочную военную службу, которую проходил в течение двух лет в Сибирском военном округе. Затем перешёл на службу по контракту в 24-й отдельной бригаде специального назначения Главного разведывательного управления Генерального штаба в Улан-Удэ. В дальнейшем был переведён в 22-ю отдельную гвардейскую бригаду специального назначения Главного управления Генштаба в Аксайский район Ростовской области.

Участник контртеррористической операции на Северном Кавказе и в Сирии против международных террористических формирований. Также участвовал в операции по возвращению Крыма в состав Российской Федерации в 2014 году.

На СВО являлся заместителем командира группы специального назначения. В ходе боевых действий против ВСУ  гвардии старший сержант Фархад Худайнатов неоднократно проявлял личное мужество и самоотверженность. Разведывательной группой под его командованием было уничтожено свыше тысячи единиц живой силы противника, 14 опорных пунктов, 10 наблюдательных постов, большое количество оружия, автомобилей, танков, склад с боеприпасами и другими ресурсами. В 2023 году присвоено звание прапорщика.

В своём последнем бою 29 сентября 2023 года он спас других военнослужащих. В селе Новопрокоповка Токмакского района Запорожской области группа под командованием Худайнатова попала под массированный огонь. В течение трёх часов Фархад Худайнатов по заминированному участку и под непрекращающимся огнём одного за другим эвакуировал товарищей. Убедившись, что их жизням ничего не угрожает, он, несмотря на ранения, вернулся на опорный пункт и продолжал корректировать огонь. От ран полученных в этом бою Фархад Худайнатов позднее скончался в госпитале.

11 апреля 2024 года указом президента Российской Федерации («закрытым») за мужество и героизм, проявленные при исполнении воинского долга, гвардии прапорщику Худайнатову Фархаду Чаримовичу присвоено звание Героя Российской Федерации (посмертно).

12 июня 2024 года в Махачкале глава республики Дагестан С. А. Меликов передал медаль «Золотая Звезда» семье Героя.